丘、邱（qiū）姓同源，邱姓最迟出现于汉代 。汉以后，偶有丘姓为避孔子圣讳，改姓邱，数量极少，故历史上邱姓名人寥寥无几，五代十国时学者邱光庭为其一。清朝雍正三年之后，这个家族大多都用“邱”为姓，源出有四：
出自姜姓，以地名为氏，是姜太公的后裔。西周初年，太师吕尚（姜姓，吕氏，名望）因辅佐武王灭商有功，被封于齐，建齐国，都营丘（今山东省淄博市东北旧临淄），号称齐太公，俗称姜太公。其子孙中后有以地为氏的，称为丘氏。史称丘姓正宗。
出自姒姓。夏帝少康时，封其小儿子曲烈于鄫（今河南省柘城县北），至周灵王时，为莒国所灭，其子孙去邑为曾氏，其后分支中就有以丘为氏。此为曾、丘联宗之说。
出自妫姓，以地为氏。春秋时，陈国有宛丘，邾国有弱丘，居者皆以“丘”为氏。
出自他族改姓。南北朝时，北魏孝文帝迁都洛阳后，有鲜卑族复姓丘林氏、丘敦氏、丘穆棱氏改为汉字单姓丘氏。南北朝北魏王侯拓跋嗣将鲜卑王族丘敦氏·豆真始改为丘氏。见模公墓志铭：“豆真将军、镇守来国、归而命氏······”。匈奴族丘林氏族改为丘、林、乔三姓，也成为河南丘氏的一部分，这些外族后文化上汉化，成为中原的丘氏汉族。西汉初东胡族乌丸部为匈奴所灭，余部东奔内蒙古与晋冀辽相接的地区，称乌桓，乌桓山在今内蒙古阿鲁科尔沁旗西北，乌桓人有丘姓；东汉末十六国西秦时羌人中有丘姓。
西周初年，姜太公吕尚作为开国功臣，被封于齐，建立齐国，定都营丘。据传，太公尊重当地人民的风俗习惯，简化君臣之礼，又鼓励百姓利用本地鱼盐资源发展生产，齐国呈现出一派祥和富足之景象，太公受到国人拥戴。后因故将营丘改称临淄，太公之子穆怀念都城故称，遂以地为氏，人称丘穆，丘穆后人遂沿用丘姓，奉丘穆为得姓始祖。因“邱”姓为“丘”姓避讳加邑旁而来，实属同源，故丘穆亦为邱姓得姓始祖。
丘、邱二姓同源，故而丘姓传播迁徙历史亦是邱姓传播迁徙历史。
丘姓发源于山东，早期主要向西、向南播迁，故很早河南境内便有丘姓名门望族，开基始祖为丘穆公，世居河南卫辉府封丘县。春秋时，邾国（今山东曲阜东南）有大夫丘弱，鲁国（今山东西南部）有孔子学生丘吾。
先秦时期，丘姓活动的地区主要在山东地区，后向西进入陕西地区。
秦汉时，丘姓南迁到江淮地区，陕西、浙江、内蒙等省均有丘姓。如西汉有扶风人（今陕西兴平东南）丘欣；汉平帝时有扶风人丘俊，持节安抚江淮，后因王莽篡位，遂留江左，居吴兴（今属浙江），后成吴兴一带望族。东汉有乌程人（今浙江吴兴）丘滕，还有云中人（今内蒙古托克托县东北）丘季智。此期，丘穆一支后人丘言封临海王，移居山东；丘和居开封府林村；丘茂平迁福建汀州上杭县。
魏晋南北朝至五代时期，丘氏除上述地区发展外，还分布于今江苏、山西、四川等省的一些地方。河南光州固始丘姓为避战乱，与林、黄、陈、郑、詹、何、胡姓（史称“入闽八族”）一同南下，初居福建莆田，后分支长汀、上杭等地 。丘穆一支传至四十七世丘宏达，于东晋永和年间迁居四川，后人又有迁河南，转福建汀州宁化等地，遂广播福建、广东省境。另外，此期陕西扶风一带丘姓族大人众，遂成为当地名门望族。唐初又有中原丘氏随陈政、陈元光父子入闽。
宋代，丘氏称盛于福建，分布相当广泛，同时已有迁入今江西、安徽、湖南、广东、广西等省者。北宋中叶，河南丘休秀一支迁福建莆田，其子丘成实，徙广东饶平。
明代，贵州、云南等地也有丘姓聚居点。如世代执掌新添卫军事长官的丘氏家族（入黔始祖系山东即墨人丘安），出名的后裔有云贵两省第一位翰林院检讨、官右庶子的丘禾实和山海关上立有塑像、官至右佥都御史、辽宁巡抚的丘禾嘉 。丘休秀后人又有迁福建长汀、上杭，转广东镇平等地者。陕西、山东、河北、河南、北京、天津等地有山西大槐树丘姓移民入居。
从清初开始，闽、粤丘氏陆续有人迁到台湾，此二地丘姓又多属丘休秀派下，后又有移居海外者。
满清入关以前，这个家族大多是以“丘”（古时的“丘”与“邱”通用）为姓的，一直到清雍正皇帝时，才由于避讳孔子的名号，而下令把“丘”一律改为“邱”姓。
西汉武帝刘彻纳董仲舒“诸不在六艺之科，孔子之术者，皆绝其道，勿使并进”对策，废黜百家，独尊儒术，避孔丘讳，令丘加“邑”（“阝”）部改为邱。金明昌三年（1192）金修曲阜孔庙，命臣庶回避孔丘之名，其域内丘姓改邱姓。但影响最大，范围最广泛的一次丘改邱姓，是清雍正三年（1725）因尊孔避讳孔丘之名，雍正帝诏令丘加邑（“阝”）为邱。天下丘姓多改姓邱，邱姓始成一大姓氏。
1912年，民国参议院议员丘逢甲、丘复等，以姜太公子孙得姓于姜太公封国之国都营丘，早于孔丘，无先人避讳后人之理为由，在粤闽两地登报呼吁族人恢复祖先肇姓之丘。因此，闽粤台部分族人闻之响应。但国之多数族人因不知情，或因涉及法律户籍等诸多问题，仍然使用邱姓。故今丘、邱通用。台湾省丘姓，在日本侵占台湾时曾被迫改姓冈本、冈林、冈田等日本姓，1945年光复后，奉令复为丘姓。1955年《第一批异体字整理表》将“邱”作为“丘”之异体字予以淘汰。1988年《现代汉语通用字表》乃确认“邱”作为姓氏使用时为规范字。
堂号
文庄堂：明朝人丘濬，官礼部尚书，文渊阁大学士。他熟悉当代典故，著《大学衍义补》，内容包括政治、经济、文化、教育、司法、军事等方面，博采前人议论，加按语抒发自己的意见。代表作有《丘文庄集》。
此外，丘姓的主要堂号还有“河南堂”、“吴兴堂”、“扶风堂”、“敦睦堂”、“砚耕堂”、“思敬堂”、“忠实堂”等。
郡望
郡望有扶风、吴兴、河南等。
河南郡：汉高帝二年（前205年）改秦三川郡置郡，治所在雒阳（今洛阳市东北）。相当今河南省黄河以南洛水、伊水下游，双洎河、贾鲁河上游地区及黄河以北原阳县。此支丘氏，是以丘穆为其开基始祖。
吴兴郡：三国吴宝鼎元年（266年）置郡，治所在乌程（今浙江吴兴南）。相当今浙江临安、余杭、德清一线西北，兼有江苏宜兴县地。此支丘氏，是以汉丘俊为其开基始祖。
扶风郡：治所在槐里（今陕西省兴平东南）。